De organisatie van de Algemene Rekenkamer bestaat uit het college en de ambtelijke organisatie.
Het college van de Algemene Rekenkamer bestaat uit drie leden.
De secretaris geeft leiding aan de ambtelijke organisatie.
Het managementteam van de Algemene Rekenkamer bestaat uit 6 onderzoeksdirecteuren en 1 stafdirecteur.
Departementen: AZ, Financiën
Programma: Programma Ontvangsten
Departement: BZK
Financial audit en coördinatie verantwoordingsonderzoek
Departementen: BHOS, BZ, Defensie, JenV
Departementen: OCW, SZW, VWS
Programma: Programma Premiesectoren zorg en sociale zekerheid
Departementen: EZK, IenW, LNV
Programma: Programma Energietransitie
Bestuur, Communicatie en Internationaal; Mensen, Middelen en Ondersteuning; Informatievoorziening en Organisatie.