De organisatie van de Algemene Rekenkamer bestaat uit het college en de ambtelijke organisatie.
Organogram
College
Het college van de Algemene Rekenkamer bestaat uit drie leden.
Secretaris
De secretaris geeft leiding aan de ambtelijke organisatie.
Managementteam
Het managementteam van de Algemene Rekenkamer bestaat uit 6 onderzoeksdirecteuren en 1 stafdirecteur.
Onderzoeksdirectie A
Departementen: AZ, Financiën
Programma: Programma Ontvangsten
Onderzoeksdirectie B
Departement: BZK
Programma: Programma Doorontwikkeling verantwoordingsonderzoek
Onderzoeksdirectie C
Departement: BZ
Programma: Coördinatie Verantwoordingsonderzoek en financial audit
Onderzoeksdirectie D
Departementen: JenV, Defensie
Programma: Programma voor innovatief onderzoek (DOEN)
Onderzoeksdirectie E
Departementen: OCW, SZW, VWS
Programma: Programma Premiesectoren zorg en sociale zekerheid
Onderzoeksdirectie F
Departementen: EZK, IenW, LNV
Programma: Programma Toekomstbestendige overheidsfinanciën
Stafdirectie
Bestuur, Communicatie en Internationaal; Mensen, Middelen en Ondersteuning; Informatievoorziening en Organisatie.