De organisatie van de Algemene Rekenkamer bestaat uit het college en de ambtelijke organisatie.
Organogram

Uitleg van de nummers in de afbeelding
College
Het college van de Algemene Rekenkamer bestaat uit 3 leden
Secretaris
Geeft leiding aan 7 directies en Team Kwaliteit & Control
Directie Financiën en Institutioneel
Departementen: Algemene Zaken, Financiën
Directie Openbaar bestuur en Digitalisering
Departement: Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties
Directie Audit en Data
Financial audit en coördinatie verantwoordingsonderzoek
Directie Veiligheid en Buitenland
Departementen: Buitenlandse Handel en Ontwikkelingssamenwerking, Buitenlandse Zaken, Defensie, Justitie en Veiligheid
Directie Sociaal Domein
Departementen: Onderwijs, Cultuur en Wetenschap, Sociale Zaken en Werkgelegenheid, Volksgezondheid, Welzijn en Sport
Directie Economie en Leefbaarheid
Departementen: Economische Zaken en Klimaat, Infrastructuur en Waterstaat, Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit en Diergezondheidsfonds
Stafdirectie
Bestuur, Communicatie en Internationaal; Mensen, Middelen en Ondersteuning; Informatievoorziening en Organisatie